漢長安城遺址保護特區是在國家文物局和陜西省政府的大力推動下啟動的。改革開放30多年來，漢長安城遺址區內十多萬群眾因大遺址保護限制不能正常建設、發展，遺址區內人均純收入只及遺址區外居民的一半，一些涉及基本民生保障的建設停滯，居民房屋低矮破敗，多數群眾飲用自備井水，給、排水管網不適應群眾生活必需，生活污水無處可排，街面污水橫流，街道垃圾遍地，道路路況低劣，雨、雪后泥濘不堪，舉目望去遺址區內居屋破敗與周邊高樓林立的繁華落差較大。
按照《西安漢長安城國家大遺址保護特區實施方案》，特區建設將按照“保護為主、搶救第一、合理利用、加強管理”、“統籌城鄉、改善民生”、“文化遺產保護與城鄉建設相融合”和“統一規劃、統一領導、分步實施”等“四大原則”進行，分三個階段實施。
　　今年起至2013年12月為第一階段，啟動、完成7.14平方公里的漢長安城未央官遺址申報絲綢之路世界文化遺產工作，這也是特區先期啟動項目。項目范圍西至西三環路東緣，北至直城門大街北緣外擴20米，東至安門大街東緣外擴20米，南至護城河外擴30-100米不等，包括西安門外由城市快速干道進入遺址入口區域。項目內容主要包括申遺區域內建筑拆除、環境整治、道路系統建設、遺址保護展示、考古工作現場展示、博物館建設等。2013年7-8 月接受國際專家驗收。
　　第二階段為2 014年1月至2 015年12月，完成漢長安城遺址考古普探成果的規劃調整和主要文物本體的保護和展示。全面啟動特區建設范圍內的基礎設施。
　　第三階段為2016年1月至2020年12月，完成漢長安城考古遺址公園建設。啟動特區整體保護和建設項目并取得階段性成果，使其成為體制機制完善、管理科學高效、人民安居樂業、生態環境良好、歷史文化特色突出的城市新區，成為彰顯華夏文明歷史文化的重要基地，為建設西安富有歷史文化特色的國際化大都市提供文化支撐。